（五）蛋白互作网络的构建和可视化

本次内容将实现基于STRING蛋白相互作用数据库和Cytoscape软件的互作网络构建和可视化。前者是目前最大、最全面的蛋白相互作用数据库，后者是目前最常用、功能最全面的网络图绘制工具。

（四）IP-MS数据分析

这一期我们将进一步介绍IP-MS实验完成后会获得怎样的实验数据，以及如何从这些数据中筛选出高可信度的相互作用蛋白。

（三）IP-MS方案设计

这一期我们将分享IP-MS实验中IP部分的具体方案设计。

（二）理想的IP-MS结果始于实验材料的选择

IP是一种经典的实验技术，通常会与SDS-PAGE和WB结合使用来检测蛋白。因此许多研究者在设计IP－MS实验进行互作蛋白筛选时，往往会参考以往IP-WB的实验经验以及传统蛋白质组学研究中的胶内酶解样品制备方法，而未能随质谱仪器性能的提升和数据分析方法的发展对实验方法和策略进行调整和优化，导致最终蛋白相互作用的检测结果并不理想。

（一）基于质谱的蛋白质相互作用研究方法盘点

蛋白质之间的相互作用在几乎所有的生物学过程中都发挥着重要作用，研究蛋白质相互作用是理解许多生物学过程的基础。蛋白互作组学也是目前蛋白质组学研究的重要内容。