组学数据分析实操系列 |(四) 富集气泡图的绘制
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时间:2024-05-29
前言
在上一篇中,我们介绍了利用Metascape零代码实现富集分析,但是Metascape的富集分析结果是以柱状图的形式展示的。文章中更常使用的富集结果可视化方式是气泡图。气泡图可以通过气泡的坐标、形状、颜色、大小等来展示更加丰富的富集分析结果(如P值、数目、占比、类型等)。如果我们想把上述富集柱状图改为气泡图形式,或者在拿到富集分析结果表格后,经过调整阈值筛选进行重新绘图,该如何操作呢?
今天给大家介绍三款实现富集分析结果可视化的绘图工具:微生信、ImageGP和SangerBox网站。这些工具提供了丰富的可视化选项,据以优化(富集) 分结果的展现形式,方便读者更好地理解和解释数据。
方式一: 微生信绘制气泡图
01 数据获取
以Metascape富集分析结果为例,如下图所示:在Metascape网站完成富集分析后,点击Analysis Report Page,跳转至结果页面,找到Pathwayand Process Enrichment Analysis,复制以下表格,粘贴至Excel表格。
02 登录微生信网站
在浏览器中输入微生信网址(http://www.bioinformatics.com.cn),在网页右上角注册后登录。
03 单击左列的GO,Pathway图,选择多类型气泡图。