前言：

很多老师拿到质谱结果后，经常会问到“质谱检测结果中找到了重要的蛋白或修饰位点，想提供质谱证据给老板汇报，或者放到文章中，应该提供什么样的图？”我们也会马上给出“提供二级质谱图（MS2 spectrum）”的明确答复。通过pLabel软件可以对蛋白肽段对应的二级质谱图进行标注。本次分享将教会大家轻松实现这一过程。

1.安装pLabel软件

pLabel软件是蛋白质组学数据处理软件pFind系列中的一款谱图标注软件。中科院计算所的研究团队实力强劲，十年磨一剑，开发出了pFind系列软件，堪称“国货之光”，在国际蛋白质组学数据分析软件方面为我国争得一席之地。下图是本文的主角pLabel的主页截图：

http://pfind.org/software/pLabel/index.html

网站中也提供了软件的使用手册和测试数据。

 （pLabel主页截图）

访问网站下载pLabel的安装包后，双击运行pLabel V2.4.0.8_Setup.exe，即可安装pLabel软件。pLabel软件可以免费使用，只需在第一次使用前注册一下用户信息即可。

2.准备mgf谱图文件

· 对于SCIEX公司的.wiff（和.wiff.scan）质谱原始数据，常用两种方式转为通用的mgf格式：ProteinPilot软件搜库后导出mgf，或通过ab_sciex_ms_data_converter软件直接转为mgf格式。

· 对于Thermo公司的.raw质谱数据，可通过Proteome Discoveror软件或其他软件转为mgf文件。

3.确认目标蛋白肽段对应的谱图编号

从搜库结果中找到如下信息：肽段序列（通常是Unique肽段）、肽段的修饰、以及对应的谱图编号。

· SCIEX质谱数据通常用ProteinPilot软件进行数据库检索，可从搜库结果文件PeptideSummary.txt中找到肽段对应的Spectrum编号，比如下图中的肽段AVFPSIVGRPR（不含修饰）对应的谱图编号为1.1.1.1253.4。

· Thermo质谱数据通常用MaxQuant软件进行搜库，从evidence.txt中找到肽段对应的MS/MS Scan number，比如下图中的磷酸化肽段ADS(phos)MLTWEK对应的谱图编号为2723。

· 对于Thermo的数据用PD搜库的结果，可找到肽段对应的谱图编号（如 #6012），用文本工具打开.mgf文件找到SCANS=6012对应的TITLE=###，然后使用TITLE编号在pLabel软件中寻找对应谱图；当然PD软件上也直接可以导出标注好的二级质谱图。

4.pLabel软件标注MS2谱图

1).File -> Load MS/MS File -> **.mgf 打开mgf文件。

2).点击软件界面右侧的ALL，在弹出的spectra select界面的左下方Key Word中输入肽段对应的谱图编号，点击search，找到谱图后选中，点击OK。

3).在Main info的SEQ框中输入肽段序列，比如GRSFAGNLNTYKR；如果肽段包含修饰，再去菜单栏中的MOD中选择肽段的修饰，最后点击Update，调整标注的大小和位置。

注：若需添加新的修饰，找到pLabel安装目录下bin文件夹中的modification.ini文件，用文本编辑工具打开后按照如下格式说明添加新的修饰。

4).导出二级质谱图

有如下两种方式可以导出得到的图片：

· 在图上右击、加到粘贴板，Ctrl+V粘贴至PPT中，然后将PPT另存为pdf格式的文件，得到的即为矢量图，推荐这种方式，得到的图片清晰度较高。

· 第二种方式，File -> Save Spectrum as ... 选择图片的大小、格式和路径，导出标注的二级质谱图，这种方式图片分辨率较低。

5.参考信息

· pFind: a novel database-searching software system for automated peptide and protein identification via tandem mass spectrometry. Bioinformatics, 2005. 21(13): p. 3049-50

· pLabel主页http://pfind.org/software/pLabel/index.html