干货分享丨蛋白质组学数据上传流程

阅读：2497 时间：2023-05-26

01 介绍

一般蛋白质组学数据用于文章发表时，杂志会要求上传质谱数据至公共数据库，供同行下载和分析。ProteomeXchange是目前使用最多的蛋白质组学数据储存平台。ProteomeXchange旗下的成员包括PRIDE (EMBL-EBI, Cambridge, UK)，PeptideAtlas (ISB, Seattle, WA, USA)，MassIVE (UCSD, San Diego, CA, USA)，jPOST (various institutions, Japan)，iProX (National Center for Protein Sciences, Beijing, China)，Panorama Public (University of Washington, Seattle, WA, USA)。

图片来自ProteomeXchange官网

http://www.proteomexchange.org/

其中iProX的服务器在中国，国内的研究者可选择iProX上传蛋白质组学数据，速度相对较快。下面以iProX为例展示数据上传流程，其他平台上传方式类似。

02 上传前准备

1）iProX账号；

2）蛋白质组学数据，包括：

· 质谱下机原始数据文件（如.raw/.wiff和.wiff.scan/.d等）；

· 软件检索结果。

3）项目相关信息：

· Project Title

· Project Tag (key words)

· Project Description

· Institution

· Submitter: Name/Email/Institution

· Lab Head

· Access Level: Public/Plan to public（需提供公开日期）/Privite 三选一

· Experiment Protocol: (可摘取manuscript中方法的相应部分)

· Informatics Protocol: (可摘取manuscript中方法的相应部分)

03 数据上传流程

1）注册账号、登录iProX；

访问iProX网站（www.iprox.org），点击网页右上角“Register”，按要求填写信息，注册账号。完成账号注册后，点击“Sign in”登录。

2）新建项目：

通过网页正上方Submit -> New Project创建新项目，按照上述准备的内容填写项目相关信息。点击网页底部Continue保存当前填写信息进入下一步。

3）新建子项目：

创建子项目，填写子项目相关信息。需要注意的是，Experiment Protocol和Informatics Protocol虽然没有加“*”，但也必须填写，不然无法通过审核。还有其他项目，比如Species, Disease, Quantification, Digestion, PTM, Experiment Type等信息，建议大家跟自己项目符合的都填一下，这样同行可以更清楚地了解我们的数据，以便重复或者重新分析这些质谱数据。点击Continue保存当前信息并进入下一步。

4）上传数据文件：

iProX支持两种数据提交方式：Complete submission和Partial submission。Complete submission要求上传标准格式的原始数据文件和结果文件；Partial submission也要求原始数据文件和结果文件，但是对文件的类型不作要求。实际使用中，Partial submission用得比较多。

（iProX两种数据提交方式支持的文件类型）

上传数据时，首先选择数据提交方式（Complete submission或Partial submission）和提交途径（Upload by Browser或Upload by Aspera）；然后点击“+Add file”，选择需要上传的数据文件；文件的file type和Source/result file可根据情况进行调整；点击“Start upload”开始上传数据。